工程合同纠纷诉讼时效为三年，根据《民法典》第18规定。承包人的付款要求诉讼时效为两年，工程价款确认和返还时效分别为二年和四年。签证和索赔增加的工程款诉讼时效为两年。工程合同纠纷需在规定时效内提起诉讼。
法律分析
一、工程合同的诉讼有效期是多久
1、工程合同的诉讼有效期是三年。工程合同纠纷诉讼属于民事诉讼，向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
2、法律依据：《民法典》
第一百八十向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
二、建设工程合同工程价款纠纷涉及确认时效和返还时效
1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后二年。
2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后二年，为发包人工程价款的确认时效，
如工程价款结算已经确定，自确认之日后二年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在二年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。
3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后二年;如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。
综合上面所说的，一般工程合同纠纷如果双方协商不下来的话，是可以直接用诉讼的方式来进行解决，但诉讼也是有时间的，而且还必须要在规定的时效之内提起
结语
工程合同的诉讼有效期为三年，根据《民法典》第18的规定。诉讼时效期间从权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。承包人主张的预付款、进度款的诉讼时效为合同约定的支付期限后两年。工程结算款的确认时效自工程通过竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后两年，返还时效为确认后两年，最长为四年。签证、索赔增加的工程款的诉讼时效为提交资料后两年，除斥期间届满即丧失时效。综上所述，工程合同纠纷需要在规定的时效内提起诉讼。
法律依据
中华人民共和国民法典：第十八章 建设工程合同 第七百九十条 建设工程的招标投标活动，应当依照有关法律的规定公开、公平、公正进行。
中华人民共和国招标投标法（2017修正）：第一章 总 则 第三条 在中华人民共和国境内进行下列工程建设项目包括项目的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，必须进行招标：
（一）大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益、公众安全的项目；
（二）全部或者部分使用国有资金投资或者国家融资的项目；
（三）使用国际组织或者外国贷款、援助资金的项目。
前款所列项目的具体范围和规模标准，由发展计划部门会同有关部门制订，报批准。
法律或者对必须进行招标的其他项目的范围有规定的，依照其规定。
中华人民共和国招标投标法（2017修正）：第一章 总 则 第二条 在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法。