首先，公司与职工自愿达成工伤赔偿协议，是基于双方意思自治签订的，那么，该协议具有相应的法律效力，双方应该积极履行约定。
所以，职工有所反悔的，申请仲裁的也不能得到支持。
其次，协商时有以下情形的将做不同的处理：
1、工伤赔偿协议书不是职工自愿签订，公司存在欺诈、胁迫、趁人之危等情形，导致职工违背真实意思的情况下签订协议，那么受有损害的职工可以起诉到。
起诉时，可以要求撤销该工伤赔偿协议书，并按照法定的工伤赔偿标准进行赔偿。
2、工伤赔偿协议书是职工自愿订立，但因为工伤职工对此存在重大误解，比如以为公司会后续负担医疗费用，那么也可以起诉到，要求撤销该工伤赔偿协议书，并按照法定的工伤赔偿标准进行赔偿。
一、一次性工伤赔偿协议书格式是怎样的
一次性工伤赔偿协议书的格式主要包括第一开头，比如劳动者和公司的基本信息，第二赔偿金额，比如一次性残疾补偿金，工伤医疗补助金等一些赔偿金额。第三是付款的期限，第四是双方的责任分配，第五是违约责任，主要是包括当双方出现争议的时候，应该选择救济方式和赔偿费用等问题，第六是关于双方自愿的条款。
二、工伤赔偿协议是不是有效
1、工伤赔偿协议只要符合双方真实意思的表示、不违反法律规定等的条件就是有效的，但劳动者签订工伤赔偿协议时一定要慎重。
2、法律依据：《劳动争议调解仲裁法》：
第四条发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。
第十四条经调解达成协议的，应当制作调解协议书。调解协议书由双方当事人签名或者盖章，经调解员签名并加盖调解组织印章后生效，对双方当事人具有约束力，当事人应当履行。自劳动争议调解组织收到调解申请之日起十五日内未达成调解协议的，当事人可以依法申请仲裁。
第十五条达成调解协议后，一方当事人在协议约定期限内不履行调解协议的，另一方当事人可以依法申请仲裁。