阴阳合同的处理方法如下：
1、合同需要备案的，以备案合同为准，但备案合同未实际履行，实际履行合同有违法利益的，价格以实际履行合同为准，其余按备案合同约定，备案合同未约定的，阴合同有关内容按阴合同约定执行；
2、签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也不需要备案，以实际履行的合同为准。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。